Guna mendukung kepemimpinan operasional yang kuat serta mampu membuat pelayanan yang baik dan cepat, Program Studi Akuakultur Universitas Muhammadiyah Malang memiliki struktur organisasi seperti pada berikut:
Ketua Prodi Akuakultur
Sekretaris Prodi Akuakultur
Kepala Laboratorium Perikanan